cyREST APIを使うと、RとCytoscapeを連携させることが出来る。 Cytoscapeは機能を拡張することが出来るアプリ(プラグイン)が数多く提供されており、cyRESTもその中の1つ。 今回試した環境 OS:Windows7 64bit Cytoscape 3.2.0 R 3.1.2 1.CytoscapeにcyRESTを…

Tableauをちょいちょい使うことがあり地図表示用に緯度経度データを準備することにした。（Tableauは県名などから緯度経度情報に変換してくれる機能があるが、保有しているデータの市町村名だと結構厳しい場合がある ○船橋 ×船橋市）RubyでGeocoderってのが…

shinyIncubatorパッケージはShinyで処理中にメッセージを表示することができる。Shinyで処理に時間がかかる場合って不安になるからね。 これはShiny - GalleryのShiny - Progress exampleで紹介されている。shinyIncubatorパッケージは正式にサポートされて…

最近、Rのd3Networkパッケージを使っている記事をいくつか目にした。d3Networkパッケージは、Rからd3.jsのnetwork、tree、dendogram、Sankeyを容易に描画することが出来るパッケージのようだ。great!!! そして開発者のページを見てみると「d3Network in Shin…

Rでminpack.lmパッケージのnls.lm関数を使うとLevenberg-Marquardt法で非線形回帰分析を行うことができる。言いかたはマルカート法、マーカート法？、フランスの方のようなのでマーカール法とも言われているようだ。私はマルカートで覚えていた。Levenberg-M…

ShinyServerはクライアントにR環境がなくてもRプログラムをWEBアプリ化することができる。分析などに条件が必要な場合は一般的にui.Rに記述するが、URLに引数として与えることも出来るので他のWEBアプリとの連携も可能みたいだ。このようにGETパラメータ的な…

UNIX系の場合はRVM(Ruby Version Manager)を使うと複数のRuby環境を構築することが出来るが私のPCはWin7。Win環境の場合はpikで簡単に構築することが出来る。 pikのインストール gem install pik pik_install "C:\ruby\pik" インストールしたpikのバージョン…

職場でRを使っているとパッケージのインストールなどプロキシ環境に悩まされることがある。 企業に多そうなWin7 32bit/64bit環境の話。Macは持っていないので分かりません。 パッケージのインストール 一般的にはコンソールで下記コマンドを実行する。 Sys.s…